Государство в северо-восточной части Европы, на южном берегу Финского залива Балтийского моря. Граничит с Латвией на юге и Россией на востоке. На севере омывается Финским заливом, на западе - Рижским заливом Балтийского моря. Территория страны включает более 1500 островов (10% территории Эстонии), крупнейшие из которых - Сааремаа, Хийумаа, Муху, Вормен, Найсаар, Аэгна, Прангли, Кихну, Рухну, Абрука и Вилсанди.

Рельеф преимущественно равнинный. Большая часть страны представляет собой плоскую моренную равнину, покрытую лесами (почти 50% территории), болотами и торфяниками (почти 25% территории). Лишь на севере и в центральной части страны тянется возвышенность Пандивере (до 166 м. на г. Эмумяги), да в юго-восточной части страны - неширокая полоса холмистых возвышенностей (до 318 м. на г. Суур-Мунамяги). Обширна и озерная сеть - более 1 тыс. моренных озер. Общая площадь страны составляет около 45,2 тыс. кв. км. - это самое северное и самое маленькое из государств Балтии.